Сюжет

Алекс просыпает от кошмара — это был всего лишь сон. На самом деле он сидит на пассажирском месте в кабине тягача по пути в родной город Шепердс Глен. Водителем грузовика является Тревис Грейди (главный герой Silent Hill: Origins). Алекс — солдат, возвращающийся домой после ранения в бою. Прибыв на место, Алекс прощается с Тревисом и идет домой. Он замечает, что город выглядит пустынно, на дорогах странные провалы, а улицы окутаны густым туманом. По пути к дому возле памятника основателям города Алекс встречает судью Холловэй, мать его подруги детства, Элль Холловэй. И Алекс, и судья Холловэй являются потомками четырех семей-основателей (Шеперды, Холловэй, Фитчи и Бартлетты), которые заложили Шепердс Глен 150 лет назад. Шепердс Глен назван в честь предка Алекса, Исаака Шеперда. Судья Холловэй удивлена возвращением Алекса в родной город и советует ему поскорее идти домой повидаться с матерью.

Зайдя домой, Алекс сперва никого не обнаруживает. Смотря на фотографии на стене, он замечает, что на многих фотографиях запечатлены его родители с Джошуа, но нигде не видно фотографии самого Алекса. Алекс отмечает про себя, что никогда не чувствовал особенной родительской любви, в противоположность своему младшему брату. Спустившись из их бывшей комнаты, Алекс наконец находит свою мать, Лиллиан Шеперд, но та пребывает в неком оцепенении, и от нее трудно добиться внятных ответов, кроме того, что она скучает по Джошуа, а также, что отец Алекса отправился на его поиски. Алекс забирает револьвер из рук матери, после чего слышит какой-то шум в подвале. В затопленном подвале Алекс натыкается на монстра — кошмар проникает в реальность. Осушив подвал, Алекс выходит на задний двор.

Пройдя через городское кладбище, перед зданием полицейского участка Алекс встречает Элль. Та занята развешиванием листовок с изображением пропавших людей на доске объявлений. Она рада встрече после разлуки, когда Алекс не сказав ей ни слова внезапно ушел в армию. Она рассказывает ему о пропавших людях в городе, после чего отдает ему рацию, и Алекс идет дальше. В своих поисках Алекс оказывается на местной свалке, которой управляет Кертис Акерс. В ответ на вопрос о Джошуа, Кертис советует Алексу отыскать мэра Бартлетта, которого в последнее время часто видят на кладбище, занятого копанием могил. Алекс отдает Кертису старый револьвер, взамен получив пистолет. Алекс возвращается на кладбище и идет в мавзолей Бартлеттов. Он не обнаруживает там мэра, но в пустом саркофаге внутри мавзолея он находит наручные часы, после чего теряет сознание от ужасного шума.

Алекс приходит в себя в совсем другом месте — на улице в Сайлент Хилле. Он замечает брата, который сбегает от него в заброшенный отель. Проникнув внутрь, Алекс поднимается на лифте. В одном из номеров отеля он встречает загадочную женщину, которая просит отыскать и принести ей три открытки — воспоминания о прошлых днях. В отеле Алексу приходится сражаться с многочисленными монстрами, а на одном из этажей он встречает Бугимена — ужасного вида существо с пирамидальным шлемом, но тот по какой-то причине не трогает Алекса. Отыскав все три открытки Алекс возвращает их женщине, в обмен на что получает ключ от запертого номера. Открыв его, Алекс видит Джошуа, но между ними снова преграда — дыра в полу. Алекс пытается перепрыгнуть ее, но ему не удается это сделать, после чего он падает вниз на первый этаж. Отряхнувшись, Алекс идет в оранжерею, по пути куда мир снова трансформируется в кошмарную версию. В оранжерее отеля он наконец находит мэра Бартлетта. От него он узнает, что сын мэра, Джоуи, также пропал. Алекс отдает Бартлетту часы, которые мэр кидает на землю, после чего из дыры в центре поднимается огромный монстр — Могильник, который убивает Бартлетта. Алексу удается расправиться с монстром, после чего он вновь теряет сознание и падает в дыру вслед за Могильником.

Приходит в себя Алекс уже в камере предварительного заключения. Вскоре появляется помощник шерифа Уилер (шерифом является отец Алекса — Адам Шеперд) и расспрашивает его о мэре Бартлетте. Рассказав ему все как есть, Алекс убеждает Уилера, что он говорит правду, и тот выпускает Алекса из камеры. По пути на стоянку, где их должна встретить Элль, их разделяет спрыгнувший с крыши монстр. Алекс выбегает на стоянку один, где спасает Элль от монстра, после чего они вдвоем спасаются от нашествия монстров в канализации.

Элль приходит в отчаяние от происходящего. Алекс узнает, что ее сестра также пропала. Он успокаивает Элль, и они вместе пробираются по туннелям канализации. При прохождении очередной решетки Алекс и Элль оказываются разделенными. Элль отправляется дальше, после чего слышен ее крик. Пройдя через открывшуюся решетку, Алекс видит лужу крови и, в ней, рацию Элль. Он выбирается обратно на поверхность, где Уилер связывается с Алексом и договаривается о встрече возле клиники доктора Фитча. Алекс идет прямиком туда, где находит самого доктора. Фитч, в окровавленной одежде и скальпелем в руке, не расположен к разговору и скрывается в своем офисе. Алекс следует за ним. Доктора он не обнаруживает, но находит комнату дочери доктора, Скарлет. Он открывает коробку в комнате, в которой находит детскую куклу. После того, как он берет ее в руки, альтернативная реальность вновь поглощает Алекса.

Алекс оказывается в странном месте, представляющим собой длинный путь вниз — Адский спуск. Внизу он наконец находит доктора Фитча. Обезумевший от горя доктор наносит сам себе раны скальпелем. Алекс расспрашивает Фитча о его пропавшей дочери Скарлет, после чего отдает ему куклу. На теле Фитча вдруг начинают появляться многочисленные порезы, и доктор падает в лужу собственной крови, уронив куклу. Кукла в луже трансформируется в монстра — Скарлет, которая убивает Фитча, откусив ему голову. Перед смертью доктор просит прощения у дочери. После того как Алекс убивает монстра, он приходит в себя снова в клинике. На полу он обнаруживает ключ с символом из городской ратуши.

Алекс отправляется в ратушу, где полученным ключом открывает скрытый проход в полу. В подвале ратуши он находит церемониальный кинжал, который позволяет ему открывать особые двери. Алекс выбирается из подземного лабиринта на кладбище, откуда отправляется прямиком домой. Кинжалом он открывает охотничью комнату в подвале дома Шепердов, откуда забирает ключ от чердака. На чердаке мы видим еще одну сцену из прошлого: отец Алекса отдает Джошу фамильную реликвию — кольцо семьи Шепердов. Джошуа не должен показывать его никому, даже Алексу. В столе на чердаке Алекс обнаруживает письмо отца, откуда он узнает о культе Сайлент Хилла. Он спускается вниз к матери и расспрашивает ее о Сайлент Хилле, но та снова уклоняется от ответа. Их разговор прерывают проникнувшие в дом солдаты культа, которые избивают Алекса и похищают Лиллиан Шеперд. Дом трансформируют в кошмарную версию, и чтобы выбраться, Алекс вынужден решить четыре загадки, связанные с прошлым его семьи.

Выбравшись из дома, Алекс встречается с целой и невредимой Элль. Вместе с Уилером они отправляются в Сайлент Хилл на катере через озеро Толука. Прежде чем они успевают достигнуть берега, их застигают врасплох члены культа, которые похищают Уилера и Элль. Сам Алекс от удара лодки, падает в воду и выплывает возле пристани Сайлент Хилла. С Алексом связывается Уилер, который сообщает, что их держат в местной тюрьме. Алекс предварительно отключает подачу энергии с электростанции, после чего проникает в тюрьму, где он находит и спасает Уилера, запертого в камере. В ответ на вопрос об Элль, Уилер говорит Алексу, что ее отправили в блок одиночных камер, после чего раненный Уилер остается в комнате охраны, чтобы направлять Алекса и открывать нужные двери. Когда Алекс добирается до одиночных камер, вместо Элль он находит там свою мать, распятую на неком подобие креста. Лиллиан испытывает страшные мучения и умоляет Алекса прекратить ее страдания. У Алекса есть выбор — стрелять или нет. В любом случае пыточное устройство разрывает тело Лиллиан Шеперд, после чего тюрьму поглощает альтернативная реальность. Алекс воссоединяется с Уилером, и они вместе пробираются по коридорам кошмарной тюрьмы, пока не доходят до газовой камеры. Там они находят привязанную судью Холловэй. Алекс освобождает судью, пока Уилер пытается остановить подачу газа. В этот момент Уилера схватывает и утаскивает внутрь дыры ужасный монстр — Асфиксия. Судья Холловэй спасается бегством, но перед закрытием двери на ее лице заметен не испуг, а загадочная ухмылка. Алекс вынужден сражаться с монстром. После победы, он снова видит убегающего Джоша. Проследовав за ним, он попадает в церковь.

В церкви в исповедальне он встречает неизвестного человека. Тот раскаивается в том, как обращался со своим сыном, что совпадает с историей самого Алекса. Он говорит, что ему нужно было сделать выбор между двумя сыновьями. Алекс может как простить, так и отказать ему в прощении. После того как Алекс разгадывает загадку с табличками в главном зале церкви, открывается проход за органом. Там Алекс находит своего отца, привязанного к колонам. Алекс начинает расспрашивать отца о Джоше, но Адам Шеперд говорит, что Джошуа уже не спасти. Отец рассказывает Алексу, что на самом деле он никогда не был солдатом, и в больницу тот попал не от ранения в бою, а из-за психического расстройства. Отец передает Алексу фамильное кольцо, которое находилось у Джошуа, но не объясняет почему оно у него. Появляется Бугимен и разрезает Адама напополам.

Алекс спускается вниз в потайное убежище культа. Внизу он переодевается в костюм солдата культа, но Кертис в лифте все равно узнает его и вырубает Алекса ударом в спину. Алекс приходит в себя привязанным в кресле. В комнате он видит судью Холловэй. Она раскрывает ему всю правду о похищениях людей и пропаже детей. Когда четыре семьи отделились от культа Сайлент Хилла и основали Шепердс Глен, они были вынуждены заключить договор с богом культа. Каждый пятьдесят лет каждая из четырех семьей была обязана принести в жертву одного из своих детей, что должно было защищать город от воздействия культа. Холловэй рассказал, что все беды Шепердс Глена начались из-за того, что одна из семей не смогла принести жертву. Мэр Бартлетт принес в жертву своего сына Джоуи, доктор Фитч — дочь Скарлет, а Холловэй задушила младшую сестру Элль — Нору, но Адам Шеперд не принес жертвы. Единственную надежду Холловэй видит в возрождении культа Сайлент Хилла, который и стоял за всеми похищениями в городе. Холловэй приказывает Кертису наказать свою дочь за непослушание, а затем намеревается исправить ошибку Адама Шеперда, убив Алекса с помощью дрели. Во время пытки, Алексу удается высвободить руки и убить судью. Освободившись, он отправляется на поиски Элль. Он находит ее и ее мучителя — Кертиса — в одной из комнат. Алексу удается расправиться с Кертисом и спасти Элль от смерти. Позже они находят находящегося при смерти Уилера. Алекс может помочь Уилеру или оставить его умирать, после чего он оставляет Элль и идет дальше.

Он находит зал для жертвоприношений. На склепе для семьи Шепердов в списке жертв он находит свое имя, что означает, что именно он должен был быть принесен в жертву. Это объясняет нелюбовь родителей к Алексу, ведь они выбрали Джоша продолжать род, а Алекса должны были принести в жертву. Алекс видит сценку из прошлого — свое воспоминание, которое он предпочел однажды забыть. Посреди ночи Алекс будит Джоша, и они вместе отправляются на озеро на лодке. На озере Алекс начинает задирать и дразнить Джоша, чувствуя зависть к Джошу из-за того, что родители больше любят его. Джош показывает Алексу фамильное кольцо, которое отец дал ему накануне. Алекс выхватывает его из рук Джошуа. Джош пытается вернуть кольцо, но во время борьбы он падает в воду, ударившись о край лодки, и тонет. Адам Шеперд вытаскивает тело Джошуа и в ярости говорит Алексу, что так не должно быть, ведь они выбрали Алекса. Сознание Алекса отказывается справиться с пережитым, и он переживает психологический шок, после которого его и отправили в больницу, а члены семьи всем в городе сказали, что он отправился в армию. Помещение зала превращается в кошмар, где Алекс сражается с последним боссом — Амнион. Алекс побеждает монстра и вспарывает ему живот, из которого вываливается тело Джошуа. Найдя наконец брата, Алекс оплакивает его смерть и просит прощения за свой поступок, после чего покидает подземелье.

В зависимости от действий игрока в игре доступны пять концовок.