Сюжет
Письмо из тихого рая
Джеймс Сандерленд приезжает в курортный городок Сайлент Хилл после того, как получает письмо от своей жены, Мэри, несмотря на то, что она умерла три года назад от неизлечимой болезни. В письме Мэри сообщает ему, что ждет его в их «особом месте», которым был весь город Сайлент Хилл.
Для начала он решает проверить парк Роузуотер возле озера, где они когда-то провели целый день вместе. Туннель в город оказывается перегороженным, поэтому Джеймс вынужден оставить машину на смотровой площадке и отправиться через лес. По пути в город он выходит на местное кладбище, где сталкивается с Анджелой Ороско, девушкой, которая приехала в город в поисках своей матери. Девушка предупреждает его об каких-то опасностях, которые таит город, но Джеймса, похоже, это не слишком заботит. Когда Джеймс наконец добирается до улиц города, его взору предстает совсем не та картина, которую он запомнил во время своего отпуска. Город выглядит необитаемым, как будто его жители внезапно исчезли, а улицы окутывает зловещий туман. Вдобавок он встречает опасных монстров, которые нападают на него. Прямой путь в парк преграждает провал, поэтому Джеймс решает попробовать найти путь через жилое здание.
Внутри в туалете одной из квартир Джеймс встречает Эдди Домбровски — полноватого молодого человека, которого рвет над унитазом, видимо от вида трупа в холодильнике в той же квартире. Эдди при виде Джеймса сразу же начинает оправдываться, хотя тот об этом даже не спрашивал. Джеймс также сталкивается с девочкой, которая по неясной пока причине отталкивает ключ за решеткой, когда он пытался достать его. Позднее Джеймс попадает в соседнее здание, где снова встречает Анджелу. Девушка, лежащая на полу квартиры с ножом в руке, явно подумывает о самоубийстве, но Джеймсу удается уговорить ее отдать нож. Анджела оставляет свой нож и убегает. В помещениях здания Джеймс также неоднократно сталкивается с Пирамидоголовым монстром, с которым ему приходится потом драться на лестничной площадке. Атаки не наносят видимого вреда монстру, но тут раздается звук сирены и Пирамидоголовый оставляет Джеймса.
Когда Джеймс выбирается из здания, он снова встречает девочку, которая помешала ему в здании. Девочку зовут Лора, и она судя по всему, знала Мэри, но большего выяснить Джеймсу не удается — девочка убегает. Джеймс добирается до парка Роузуотер, где встречает Марию — женщину, которая поразительно похожа на Мэри, но одета более вызывающе. Мария составляет компанию Джеймсу на пути ко второму «особому месту» — отелю «Лейк-Вью». Мост, ведущий к отелю, разрушен, и им приходится искать другую дорогу. Джеймс заходит в боулинг клуб Pete's Bowl-O-Rama, где снова встречает Эдди и Лору. Лора снова убегает, а Эдди вполне неплохо себя чувствует в боулинге. Джеймс и Мария отправляются вслед за девочкой, которая забегает в больницу Брукхэвен.
Внутри Марии становится плохо, и Джеймс оставляет ее в одной из палат. Затем Джеймс наконец находит Лору. Поговорив с девочкой, он выясняет, что Лора познакомилась с Мэри в прошлом году в больнице, но Джеймс уверен — девочка лжет, ведь Мэри умерла три года назад. Он кричит на Лору, но затем пытается помириться и вывести ее из этого опасного места. Затаив злобу, Лора уловкой заманивает Джеймса в одну из палат и запирает его там, где на Джеймса нападают монстры. Джеймсу удается справиться с ними, после чего больница кардинально меняется — ее поглощает альтернативная реальность. Джеймс не может найти Марию в палате, но позже находит ее запертой в подвале. Мария рассержена, что Джеймса не волнует ее судьба, и заботят лишь поиски мертвой жены. Успокоившись, они продолжают поиски Лоры. В подвале на них нападает Пирамидоголовый. Джеймсу удается забежать в закрывающийся лифт, но Марии это не удается — Пирамидоголовый убивает ее. Ошеломленный Джеймс решает все же продолжить поиски Мэри и выбирается из больницы. Следуя подсказкам, он возвращается в парк Роузоутер, где находит ключ от исторического сообщества Сайлент Хилла.
В историческом сообществе он спускается все ниже и ниже по странным туннелям и неоднократно прыгает в дыры, пока не оказывается в тюрьме. Там он снова натыкается на Эдди, в поведении которого Джеймс начинает замечать тревожные нотки. Эдди где-то раздобыл револьвер и болтает что-то невнятное об убийствах, после чего убегает от Джеймса. Джеймс следует дальше и оказывается в подземном лабиринте. В лабиринте Джеймсу приходится защищать Анджелу от монстра, которого сама Анджела почему-то зовет отцом. Позже в комнате за решеткой он встречает Марию, которая оказывается здоровой и невредимой. Джеймсу приходит искать обход вокруг, но войдя в клетку, он снова обнаруживает Марию мертвой. Джеймс выбирается из лабиринта и оказывается в морозильнике, где встречает Эдди, который явно не в себе. Годы постоянных насмешек привели к тому, что он не выдержал и застрелил собаку, а затем выстрелил в ногу ее хозяину. Боясь преследования, Эдди сбегает в Сайлент Хилл, но ему начинает казаться, что Джеймс также насмехается над ним. Джеймсу приходиться защищаться, и он убивает Эдди. Убийство Эдди оставляет сильных отпечаток в сознании Джеймса, который начинает задаваться вопросом, что на самом деле привело его в Сайлент Хилл. Пытаясь прочитать письмо от Мэри, он с удивлением обнаруживает, что текст исчез...
Джеймс выбирается наружу и все же плывет на лодке через озеро Толука к отелю «Лейк-Вью». В ресторане отеля он находит Лору. Оказывается, она также ищет Мэри. Девочка отдает Джеймсу письмо от Мэри, которое доказывает, что Мэри была жива в прошлом году. Но как это может быть, ведь Джеймс убежден, что жена умерла три года назад? Пути Джеймса и Лоры снова расходятся. В конце концов Джеймс добирается до номера 312 — номер, в котором он останавливался с Мэри. Там он смотрит видеокассету, которую оставил в отеле три года назад. Кассета раскрывает страшную правду: не в силах смотреть на мучения Мэри, Джеймс сам убил больную жену, задушив ее подушкой. А может быть он больше не хотел заботиться об умирающей жене и решил освободиться? Так или иначе, не в силах справиться с фактом убийства, сознание Джеймса предпочло забыть об этом. Лора находит Джеймса в номере и зовет его, но Джеймс открывает ей, что он убил Мэри. Лора кричит на него и плачет от злости, после чего убегает.
Джеймс внезапно получает сообщение от Мэри по радио, которая зовет его. Он пробирается по альтернативному отелю и находит Анджелу, стоящую на горящей лестнице. Огонь — это наказание Анджелы за ее преступление, убийство отца в ответ на насилие с его стороны. Она просит Джеймса отдать ей нож, чтобы прекратить свое существование в этом аду, но Джеймс отказывается. Анджела поднимается по горящей лестнице и оставляет Джеймса в одиночестве.
Джеймс продолжает свой путь по отелю и выходит в большой зал. В зале он видит вновь воскресшую и прикованную Марию, которую снова убивает Пирамидоголовый монстр. Джеймс осознает, что это наказание за его преступление. Ему приходится драться с двумя Пирамидоголовыми. Через некоторое время пирамидоголовые убивают себя сами копьями. Джеймс проходит дальше и выбирается на крышу, где в очередной раз встречают Марию, на этот раз в облике Мэри (это может быть и Мэри в зависимости от концовки). Мария/Мэри трансформируется в монстра, после убийства которого игра заканчивается одной из четырех основных концовок.
Рожденная желанием
Мария просыпается в клубе Heaven's Night. Она одна, и ей страшно. Она думает, что ей делать: погибнуть от монстров или бороться за свою жизнь. Мария решает найти кого-нибудь в городе и выходит на улицу.
В конце концов она забегает в особняк на одной из улиц. Внутри она знакомится с хозяином особняка, Эрнестом Болдуином. Мария рада, что нашла кого-то, но Эрнест не разделяет ее радости, и разговор проходит через закрытую дверь. Во время ее странствий по дому, Мария находит поздравительную открытку отцу от дочери. Она возвращается с ней к Эрнесту и выясняет, что он и есть «папочка», но его дочь погибла, выпав через окно на чердаке. Эрнест просит Марию найти особую жидкость в соседнем здании и принести ее ему в надежде на чудо. Сам он не может покинуть особняк. Мария соглашается и находит белый елей — ту самую жидкость. Когда Мария возвращается, Эрнест раскрывает кое-что о самой Марии. Он рассказывает ей о Джеймсе, и говорит, что он плохой человек. Упоминание о Джеймсе пробуждает что-то в Марии, и она начинает вспоминать. Мария открывает комнату с Эрнестом, но внутри никого не обнаруживает. Отчаявшись найти живую душу Мария раздумывает о самоубийстве, но затем решает отправиться на встречу с Джеймсом в парк...